De dood van False Dmitry stopte de Troubles niet. De burgeroorlog ging door, nieuwe landen bestreken, nieuwe bedriegers verschenen. In de eerste maand van zijn regering moest Vasily Shuisky verschillende pogingen tot optredens van de stedelijke lagere klassen van Moskou onderdrukken. In Moskou vreesden ze dat de Poolse koning Sigismund een oorlog zou beginnen om de bedrieger omver te werpen en de Polen te verslaan. Daarom werden van de enkele duizenden Poolse gasten en huursoldaten van Valse Dmitry die de mei-opstand in Moskou overleefden, alleen gewone mensen vrijgelaten, en edele mensen werden als gijzelaars achtergelaten, kregen goed onderhoud en werden onder toezicht in verschillende steden verspreid. Shuisky schond de diplomatieke etiquette en hield zelfs Gonsevsky's Poolse ambassade in Moskou vast.
Deze vrees was echter tevergeefs. Polen zelf had het moeilijk. De Polen begonnen een oorlog met Zweden en heroverden de stad Pernov (Pärnu) van haar in Livonia. Daarnaast voerden de Zaporozhye Kozakken, onder leiding van Hetman Sagaidachny, een aantal succesvolle invallen uit en plunderden Kafa en Varna. Dit maakte de Ottomanen boos en ze verklaarden de oorlog aan het Gemenebest. Toegegeven, de hoofdtroepen van het Turkse leger werden geassocieerd met de oorlog met Perzië en er werden hulptroepen tegen Polen gestuurd en de Polen sloegen de aanval af. In Polen zelf maakten enkele magnaten die ontevreden waren over het beleid van de koning furore. Het land was verwikkeld in een burgeroorlog. Daarom hadden de Polen geen tijd voor Moskou.
Zo zag Moskou een serieuzere dreiging over het hoofd - een interne. De problemen die de Troubles veroorzaakten, werden immers niet opgelost. En de externe dreiging speelde een belangrijke, maar niet de hoofdrol. De provincie was woedend: de Boyar Doema koos een tsaar zonder de nodige steun van alle landen. Het bleek dat de boyars de "goede tsaar" doodden en de macht grepen en de troon overhandigden aan de "boyar tsaar". De provincie bruiste: de zoekterm voor voortvluchtigen werd verhoogd tot 15 jaar; de militairen herinnerden zich de genereuze onderscheidingen van False Dmitry; de inwoners van het zuiden vreesden represailles en terreur (zoals onder Godoenov) voor het helpen van de bedrieger; bezorgd over de Kozakken, die de leugenaar actief steunden; Shuisky ontdeed zich van de aanhangers van False Dmitry en stuurde ze weg uit de hoofdstad, velen werden naar de zuidelijke grensgebieden gestuurd.
In de zomer van 1606 overspoelden spontane opstanden het hele zuiden van het land, dat werd opgehitst door geruchten over 'de redding van de goede tsaar Dmitry'. Het centrum van de strijd tegen de nieuwe koning in het Noordelijke Land was de "hoofdstad" van de eerste bedrieger - Putivl. Hier kozen de opstandige stedelingen, de boeren, Ivan Bolotnikov, die met een detachement naar hen toe was gekomen, als een "grote commandant". Ivan Bolotnikov was volgens de meest wijdverbreide versie een lijfeigene van prins Telyatevsky. In zijn jeugd vluchtte hij van zijn meester naar de steppe naar de Kozakken, hier werd hij gevangengenomen door de Tataren en als slaaf verkocht aan de Turken. Hij bracht een aantal jaren in slavernij door, in de galeien als roeier. Na een mislukte zeeslag met christelijke schepen voor de Turken, werd hij vrijgelaten en ging hij naar Venetië, waar hij in een Duits handelscomplex woonde. Vanaf hier, nadat hij verhalen had gehoord over het begin van de problemen in de Russische staat, trok Bolotnikov door Duitsland en Polen naar Rusland. Geruchten over de "wonderbaarlijke redding" van de Moskouse tsaar Dmitry trokken Ivan naar Sambor, waar de Moskouse voortvluchtige Mikhail Molchanov, een voormalige bondgenoot van False Dmitry I. Molchanov, zich verstopte met zijn vrouw Yuri Mnishek Yadviga, en zichzelf presenteerde als een koning. Deze avonturier stelde zich aan Bolotnikov voor als een tsaar die na de mei-coup in Moskou was ontsnapt. De nieuwe bedrieger sprak lange tijd met Bolotnikov en bezorgde hem toen een brief aan prins Grigory Shakhovsky en stuurde hem naar Putivl als zijn persoonlijke afgezant en "grote voivode".
In feite is de burgeroorlog een actieve fase ingegaan. Het leger van Bolotnikov omvatte de belangrijkste landgoederen en sociale groepen van de Russische staat: boeren en slaven, Seversk, Terek, Volga en Zaporozhye Kozakken, vertegenwoordigers van de adel. Bovendien werd de opstand gesteund door vertegenwoordigers van de aristocratie, waaronder prins Grigory Shakhovsky en de voivode Tsjernigov Andrei Telyatevsky, de voormalige eigenaar van Bolotnikov.
In de zomer van 1606, 30 duizend. Bolotnikovs leger verhuisde naar Moskou. De forten van Kromy en Yelets werden veroverd, waarvan de rijke arsenalen de reserves van de rebellen aanvulden. Regeringstroepen onder bevel van de gouverneurs van de prinsen Vorotynsky en Trubetskoy werden verslagen bij Kromy en Yelets. Veel soldaten van de tsaristische troepen gingen naar de kant van de rebellen. Gebruikmakend van de fouten van de tsaristische gouverneurs, rukten de rebellen snel op naar Moskou. Steeds meer detachementen van opstandige boeren stroomden het leger van Bolotnikov binnen. Bovendien voegden grote detachementen van dienstedelen zich op weg naar Moskou bij Bolotnikov, die zich verzette tegen de boyar-tsaar Shuisky. De senior Ryazan-gouverneur Prokopy Lyapunov en de jongere - Grigory Sumbulov, leidden de Ryazan-militie, de stoere centurio Istoma Pashkov - een groot detachement van dienstmensen. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir en Astrachan kwamen in opstand. Aan de Wolga kwamen de Mordoviërs en Mari (Cheremis) in opstand, ze belegerden Nizjni Novgorod.
De rebellen op weg naar Moskou naderden Kolomna. In oktober 1606 werd Posad Kolomna door een aanval ingenomen, maar het Kremlin bleef zich verzetten. Bolotnikov liet een klein deel van zijn troepen in Kolomna achter en ging langs de Kolomna-weg naar Moskou. In het dorp Troitskoye, in het district Kolomensky, slaagde hij erin de regeringstroepen te verslaan. Op 22 oktober was het leger van Bolotnikov gestationeerd in het dorp Kolomenskoye bij Moskou. Hier bouwde hij een gevangenis (fort) en begon brieven te sturen naar Moskou en verschillende steden, waarin hij opriep om de legitieme soevereine Dmitry Ivanovich te steunen en de kansarmen en de armen tegen de rijken op te wekken. “Jullie allemaal, jongensslaven, sla je jongens, neem hun vrouwen en al hun eigendommen, landgoederen en landgoederen! Jullie zullen nobele mensen zijn, en jullie, die spionnen en naamloos werden genoemd, doden gasten en kooplieden, verdelen hun buik onder jullie! Jij was de laatste - nu ontvang je boyars, sluwheid, woiwodschap! Kus het hele kruis aan de wettige soevereine Dmitry Ivanovich! Daarom ging het pad van de troepen van Bolotnikov gepaard met vreselijke pogroms, mensen reageerden met angst op terreur, vochten alsof er vreemden in de buurt waren (de tsaristische troepen in de gebieden die werden overspoeld door opstanden, handelden op een vergelijkbare manier).
De militie van Bolotnikov bleef groeien, scheidde detachementen, voornamelijk van slaven, die met hun invallen en overvallen de hoofdstad in een staat van beleg hielden, onderscheidde zich ervan. In november voegden de Kozakken van Ileika Muromets zich bij Bolotnikov. Hij was een andere bedrieger, die zich voordeed als Tsarevich Peter Fyodorovich, die in werkelijkheid nooit de zoon van tsaar Fyodor I Ivanovich heeft bestaan. Moskovieten waren al klaar om Bolotnikov te gehoorzamen en vroegen alleen om hen Tsarevich Dmitry te laten zien, en begonnen zelfs onderhandelingen met hem. De opgetogen Bolotnikov stuurde boodschappers naar Putivl. Zoals, laat de "tsaar" eerder komen, de overwinning is nabij. Maar Dmitry kwam nooit opdagen. Velen begonnen twijfels te uiten over het bestaan van Dmitry en gingen aan de kant van Shuisky.
Ondertussen zat Shuisky niet stil en bereidde hij zich actief voor op een tegenaanval. De buitenwijken en nederzettingen van Moskou werden versterkt. De troepen van de gouverneurs Skopin-Shuisky, Golitsyn en Tatev vestigden zich bij de Serpoechov-poort, van waaruit ze het vijandelijke kamp in de gaten hielden. Er werd verbinding gemaakt tussen Moskou en de omliggende steden, de troepen bewaakten de wegen. In november arriveerden versterkingen uit Tver en Smolensk, die grotendeels bestonden uit edelen en stedelingen. Tegelijkertijd onderhandelde Shuisky actief met het nobele deel van het opstandige kamp. De Lyapunovs en Pashkov haatten Shuisky, maar ze vreesden een oproer van het "gepeupel".
Het leger van Bolotnikov groeide tot 100 duizend mensen (zijn troepen opereerden over een uitgestrekt gebied), maar zijn vechtkwaliteiten daalden. Onder de rebellen waren er veel slaven, zwervers, boeren die geen gevechtservaring hadden, slecht bewapend en georganiseerd waren. Kozakken en edelen - twee strijdende kernen van het leger, ze werden veracht. Ze stonden echter ook tegenover elkaar. Als gevolg hiervan vond er een splitsing plaats in het leger van Bolotnikov: het ene kamp bestond uit edelen en jongenskinderen, het andere - slaven, Kozakken en andere mensen. De laatste hadden Ivan Bolotnikov als hun leiders, de eerste - Istoma Pashkov en de Lyapunov-broers. Er ontstonden meningsverschillen tussen de leiders, met als resultaat dat eerst de Lyapunovs en vervolgens Istoma Pashkov naar Shuisky gingen. Shuisky, ondertussen grondig versterkt Moskou, vormde een nieuw leger van de milities van andere steden. Bovendien lokte Shuisky veel edelen uit het Bolotnikov-kamp en beloofde hen een beloning en rangen.
Toen hij zag dat de situatie verslechterde en Shuisky's troepen groeiden, besloot Bolotnikov aan te vallen. Op 26 november probeerde hij het Simonov-klooster in te nemen, maar werd verslagen door de tsaristische troepen onder bevel van een jonge en getalenteerde commandant, de neef van tsaar Mikhail Skopin-Shuisky. Op het beslissende moment van de strijd verliet een groot nobel detachement van Pashkov het kamp van de rebellen, dit bepaalde de uitkomst van de strijd in het voordeel van het tsaristische leger. Bolotnikovs troepen waren verschanst in het Kolomna-kamp. Skopin-Shuisky belegerde de Bolotnikovieten en begon te beschieten. Tsaar Vasily probeerde tot overeenstemming te komen met Bolotnikov zelf, beloofde een hoge rang, maar de leider van de rebellen weigerde naar vrede te gaan. Na drie dagen artillerievuur kon Bolotnikovs bonte leger het niet uitstaan en vluchtte. Een deel van de Kozakken greep het dorp Zaborie, waar op 2 december de rebellen opnieuw werden verslagen. Ataman Bezzubtsev's Kozakken gingen naar de kant van Skopin-Shuisky. Tsaar Vasily vergaf hen. De rest van de gevangenen die tijdens de strijd of tijdens de vlucht werden gevangen, werden opgehangen of verdoofd met knuppels, verdronken. Bolotnikov vluchtte naar Serpukhov, en toen gingen Kaluga, Ileika Muromets naar Tula.
Zo konden de rebellen de hoofdstad nooit innemen. In de beslissende slag werden de Bolotnikovieten verslagen door de tsaristische voivods, wat werd vergemakkelijkt door het verraad van de nobele detachementen die overgingen naar de zijde van tsaar Vasily Shuisky.
In Kaluga verzamelde Bolotnikov ongeveer 10 duizend mensen. Het werd belegerd door de tsaristische troepen. De belangrijkste commandant was echter de talentloze broer van de tsaar Ivan Shuisky. Als gevolg hiervan duurde het beleg van Kaluga van december 1606 tot mei 1607. De rebellen verdedigden zich vakkundig en wanhopig, sloegen aanvallen af, maakten gedurfde vluchten en veroorzaakten grote schade aan de tsaristische troepen. De tsaristische gouverneurs besloten het houten fort af te branden en, nadat ze de omliggende boeren hadden gemobiliseerd, begonnen ze brandhout te leveren waarmee ze de muren omzoomden. De rebellen vermoedden dit plan echter en bliezen de "sweep" op, waarbij een groot aantal tsaristische krijgers werd gedood en verminkt. Op dat moment probeerden andere rebellen Kaluga te deblokkeren, maar werden verslagen. Dus het detachement van Mezetsky, door Shakhovsky vanuit Putivl gestuurd om Bolotnikov te redden, werd verslagen door het leger van Ivan Romanov op de rivier. Vyrke.
Later probeerden de troepen van Telyatevsky en Pseudo-Peter door te breken naar Bolotnikov. Op 1 mei 1607 versloegen de Don en de Oekraïense Kozakken de tsaristische troepen aan de rivier de Pchelna. Bolotnikov profiteerde van de verwarring onder het belegeringsleger en maakte een uitval en versloeg de tsaristische gouverneurs, die zich terugtrokken en de artillerie en de bagagetrein achterlieten. Een deel van de tsaristische troepen ging naar de kant van de rebellen. Alleen Skopin-Shuisky's regiment trok zich in perfecte staat terug. Daarna verhuisde Bolotnikov naar Tula, waar een krachtiger stenen fort was, en verenigde hij zich met andere rebellendetachementen.
Toen begon Bolotnikov de 2e campagne tegen Moskou. Tsaar Vasily zat echter niet stil. De mobilisatie van "eerbetoon"-mensen ("eerbetoon" - krijgers opgeroepen uit de stedelingen en boerengemeenschappen) door het hele land werd aangekondigd en leidde persoonlijk een groot leger dat in Serpoechov werd gevormd. De centra van de opstand werden geleidelijk verpletterd. De relschoppers werden teruggedreven uit Nizjni Novgorod. A. Golitsyn versloeg Telyatevsky bij Kashira. De verschijning van een onbekende Peter in plaats van de verwachte "goede tsaar" Dmitry, die terreur ontketende tegen tegenstanders, koelde velen, de opstandige steden kalmeerden, brachten bekentenis. In mei rukte het tsaristische leger op naar de rebellen. De tsaar nam zelf deel aan de campagne en de individuele regimenten stonden onder bevel van Michail Skopin-Shuisky, Pjotr Oeroesov, Ivan Shuisky, Michail Turenin, Andrei Golitsyn, Prokopy Lyapunov en Fyodor Boelgakov.
De Bolotnikovieten probeerden de hoofdtroepen van het tsaristische leger te omzeilen en naar Moskou te gaan, maar voorbij Kashira kwamen de rebellen de flank van het tsaristische leger tegen bij de rivier de Vosma. Op 5-7 juni 1607 vond een veldslag plaats. Bolotnikovites hadden een voordeel in kracht - 30-38 duizend soldaten. De gouverneur van Tula verraadde echter Bolotnikov en met 4.000. detachement ging naar de kant van de tsaristische troepen. En de Ryazan-detachementen van Lyapunov gingen achterin het leger van Bolotnikov. Dit veroorzaakte paniek onder de Bolotnikovieten en ze trokken zich terug. Een deel van de troepen van Bolotnikov werd afgesneden en gevangengenomen, de gevangenen werden geëxecuteerd. Na de slag bij Vosemsk werd het leger van Bolotnikov teruggedreven naar Tula.
Tsaar Vasily Shuisky stuurde verschillende regimenten onder leiding van Mikhail Skopin-Shuisky voor Bolotnikov. Aan de rand van Tula besloot Bolotnikov te vechten aan de Voronya-rivier, de rebellen sloten zich af met schreven en sloegen lange tijd de aanval van de cavalerie van de tsaar af. Beide partijen leden zware verliezen. De boogschutters maakten echter een omweg, de Bolotnikovieten aarzelden en renden, velen werden gedood tijdens de achtervolging. Bolotnikov verloor de helft van zijn troepen in deze veldslagen - ongeveer 20 duizend mensen. Met de rest sloot hij zichzelf op in Tula. Zo leed Bolotnikov een beslissende nederlaag en verloor hij het strategische initiatief.
Op 30 juni naderde tsaar Vasily zelf met het hoofdleger Tula. Tijdgenoten meldden dat het tsaristische leger 100-150 duizend mensen telde. Bolotnikov en "Tsarevich Peter" hebben niet meer dan 20 duizend mensen over. Belegeringswapens begonnen de stad vanaf beide oevers te beschieten. Tula had echter krachtige vestingwerken en Bolotnikov bleef achter met de meest efficiënte kern van de rebellen. Daarom hielden de belegerden stand tot oktober 1607. In de vroege stadia van het beleg maakten de verdedigers van de stad vluchten en verdedigden ze dapper. Alle pogingen van de tsaristische gouverneurs om de stad stormenderhand in te nemen, liepen op niets uit.
Toen besloten de tsaristische troepen, op het idee van de Murom-zoon van de boyar Ivan Krovkov, om de Upu-rivier onder de stad te blokkeren met een dam zodat Tula zou worden overstroomd. Aan de rechter, moerassige oever werd een dam van ongeveer een halve mijl gebouwd, die moest voorkomen dat de rivier tijdens de herfstvloed overstroomde naar het laagland, maar om een sterke stijging van het waterpeil te veroorzaken. Inderdaad, de herfstvloed sloot de stad volledig af van de buitenwereld en veranderde het in een moerassig eiland midden in een volledig overstroomde vlakte. Veel munitie was beschadigd, evenals graan- en zoutvoorraden die in de kelders waren opgeslagen. Al snel brak er een verschrikkelijke hongersnood en epidemie uit in Tula, wat de interne tegenstellingen tussen de rebellen verergerde. De rebellen probeerden de dam op te blazen, maar dezelfde Kravkov waarschuwde Shuisky, en de poging mislukte.
Bolotnikov stuurde tijdens het beleg meer dan eens boodschappers naar Mikhail Molchanov en Grigory Shakhovsky, maar zonder succes. En tsaar Vasily kreeg te maken met een nieuwe dreiging. Er verscheen een nieuwe bedrieger - False Dmitry II, die al het land van Severshchina, Bryansk en Verkhovskaya had weten te veroveren. Bolotnikov kreeg onderhandelingen aangeboden over de voorwaarden van de overgave van de stad. Shuisky beloofde de vrijheid te bewaren voor de leiders en deelnemers aan de opstand. De bereikte overeenkomst werd bezegeld met een plechtige eed en op 10 oktober 1607 opende Tula zijn poorten voor het leger van de tsaar.
Tsaar Vasily bedroog de leiders van de opstand. Shuisky haastte zich om aan te kondigen dat vergeving alleen geldt voor gewone "Tula-gevangenen", en niet voor de leiders van de opstand. De Tulyaks kregen echt gratie, de opstandige edelen gingen er met ballingen vandoor. Shakhovsky was een monnik. "Tsarevich Peter" werd opgehangen. Bolotnikov werd naar Kargopol gestuurd en in het geheim verdronken. Veel gewone rebellen werden naar de steden gestuurd en degenen die zonder lawaai en stof in Moskou terechtkwamen, werden gewurgd.
Zo blies de regering van Moskou de boerenoorlog uit, mobiliseerde praktisch alle reserves en reageerde met terreur op terreur. Echter, Shuisky, die het grootste deel van het leger had ontbonden en dacht dat de onrust ten einde liep, had zich misrekend. Alles was nog maar net begonnen. Een tweede valse Dmitry verscheen, waarbij de overblijfselen van de Bolotnikovieten zich voegden. Polen werd weer actief.
